Długość ciała chomika dżungarskiego dochodzi do 9cm, a cieżar waha się w granicach 30-40g. Jest on więc znacznie mniejszy od swojego bardziej znanego kuzyna - chomika syryskiego. Grzbiet ma popielaty z ciemną pręgą biegnącą od czoła do nasady ogona. Brzuszek i boki są jasnoszare.